Giai đoạn từ năm 1573 đến năm 1583 do việc nội bộ chưa yên nên Nam triều chủ yếu lo việc phòng thủ quân Mạc, còn nhà Mạc thì liên tiếp mở các cuộc tấn công xuống phía nam nhưng đều không thu được kết quả[18]. Trong lúc đó trụ cột nhà Mạc là Mạc Kính Điển đã chết, Mạc Mậu Hợp bỏ bê chính sự, thế lực Bắc triều ngày càng suy yếu.[19]

Từ khi triều Lê trung hưng đã gần 50 năm chưa tổ chức một khoa thi Hội nào, vì bận việc chiến tranh. Đến năm 1580, triều đình mới cho mở khoa, lấy bọn Nguyễn Văn Giai (người phủ Lưu Trường, huyện Thiên Lộc) và Phùng Khắc Khoan sáu người được đỗ tiến sĩ xuất thân và tiến sĩ đồng xuất thân. Từ bấy giờ phục lại việc 3 năm một khoa thi Hội, còn việc thi Đình thì vẫn trì hoãn chưa tiến hành được[20].

Năm 1583, Trịnh Tùng xem thế quân mình đã mạnh bèn kéo ra Sơn Nam, đánh các huyện Yên Mô[Ghi chú 1], Yên Khang gặt lúa rồi lại kéo về.[21][22] Sang mùa xuân năm 1584, Trịnh Tùng kéo quân ra Trường Yên, rồi lại tiến quân đi tuần ở Thiên Quan. Vì Ngô Cảnh Hựu rút quân về trước, nên Trịnh Tùng liền đó rút quân quay về, dâng biểu xin giáng chức Cảnh Hựu xuống hai tư. Mùa xuân năm 1585, Trịnh Tùng chính mình đốc suất đại quân, kéo ra Thiên Quan, đánh phá các huyện Mỹ Lương, Thạch Thất và An Sơn, lược định mặt Tây đạo. Đóng quân ở Sài Sơn[Ghi chú 2], để tì tướng là quận Chiêu đóng đồn ở Hoàng Xá.[Ghi chú 3] Quân Mạc truy kích quận Chiêu bị chết trận. Tùng thấy không lợi rút quân về.

Tháng 9 nǎm 1584, trưởng huynh của Trịnh Tùng là Trịnh Cối chết trên đất Bắc Triều. Họ Mạc sai người đến điếu tế; lại sai quân đưa linh cữu cùng người nhà, mẹ và vợ con về xứ Thanh. Trịnh Tùng cũng sai người đón tiếp linh cữu về quàn ở bên hữu núi Quân Yên, huyện Yên Định, đặt lễ cúng tế, dâng biểu tâu vua tha tội cho Cối, tặng thái phó Trung quốc công, sai con của mình là Trịnh Xuân mặc đồ tang cho bác[21][23].

Ngày 29 tháng 9 năm 1586, quân doanh của Trịnh Tùng ở An Trường gặp phải hỏa hoạn, lại gặp lúc gió lộng, cháy nhẹm tất cả trại quân phòng, dinh, công đường và phố xá đến vài nghìn nóc nhà, khói lửa mù mịt[24], từ giờ ngọ tới giờ thân mới dập tắt được. Mẫu thân của Trịnh Tùng tức bà Nguyễn Thị Ngọc Bảo chết trong đám cháy, Trịnh Tùng phải lánh sang chỗ khác để cư tang, tôn bà Ngọc Bảo là Từ Nghi Vương thái phi[25].

Mùa hạ năm 1587, Thái phó Vệ Dương hầu Trịnh Bách là bà con họ Trịnh, âm mưu chống lại Trịnh Tùng. Nguyên trước đó Trịnh Bách đã từng đồng mưu với Lê Cập Đệ hãm hại Trịnh Tùng nên bị nhốt vào ngục, nhờ Thái phi Ngọc Bảo xin giúp nên được tha. Đến đây Bách lại nuôi kẻ đồng cốt làm thuật phép yêu quái và định táng mả cha vào nơi cấm địa, nên Tùng mới sai người thắt cổ giết chết Bách.[26][27]

Mùa đông năm đó, Trịnh Tùng kéo quân đánh phá Trường Yên và Thiên Quan tiến ra vùng tây nam, đến huyện Mỹ Lương[Ghi chú 4]. Nhà Mạc sai Mạc Ngọc Liễn dẫn quân từ huyện An Sơn; Nguyễn Quyện từ huyện Chương Đức vượt sông Do Lễ[Ghi chú 5] đến kháng cự, bố trí đặt mai phục ở miền sơn cước, và tìm cách cắt đường chuyển lương của quân Trịnh. Trịnh Tùng qua do thám biết được mưu đồ của kẻ thù, bèn sai đại tướng Hoàng Đình Ái cấp tốc đang đêm tiến lén về để giữ Thanh Hoa, Hà Thọ Lộc và Ngô Cảnh Hựu ở lại canh giữ binh lương ở phía sau. Lại cử Nguyễn Hữu Liêu và Trịnh Đỗ, từ đường phía tả, xuất quân đi cầm cự với Mạc Ngọc Liễn để phân tán thế lực của địch. Còn bản thân Trịnh Tùng đốc quân do đường bên phải kéo ra, tiến đánh Nguyễn Quyện. Quân của Quyện thua chạy, phục binh cũng tan vỡ nốt. Quan quân chém hơn 100 quân địch, truy kích đến nửa ngày mới thôi[28]. Hôm sau, quân Nam triều tấn công các huyện An Sơn, Thạch Thất; tuy nhiên khi đó đã là cuối năm nên Trịnh Tùng rút quân về.[29][28]. Kể từ đó Nguyễn Quyện khiếp sợ trước Trịnh Tùng, mỗi lần gặp quân của ông đều trốn tránh không dám xông lên nữa. Nhân đà thắng lợi, qua ngày hôm sau Trịnh Tùng đem đại quân tiến đóng Hoàng Sơn, và các huyện An Sơn, Thạch Thất, đều phá được cả. Tuy nhiên bấy giờ đã vào cuối năm nên Trịnh Tùng quyết định cho quân lui về Thanh Hóa. Nhà Mạc cũng cho đắp thêm lũy đất ngoài thành Đại La để ngăn chặn quân Lê - Trịnh[28].

Cuối năm 1588, Trịnh Tùng lại rầm rộ kéo quân ngoài cửa ải Trường Cát, đánh phá Trường Yên và Thiên Quan, vượt sông Chính Đại,[Ghi chú 6]. Đến trại Dương Vũ[Ghi chú 7], ông đóng quân ở lại đến đến hơn một tuần. Quân Mạc cố thủ không ra đánh. Trịnh Tùng giả đò dùng kế đốt doanh trại rút quân về để nhử định, nhưng kỳ thực đã đặt kỳ binh và voi ngựa mai phục ở phía sau. Khi quân Mạc từ trong lũy kéo ra truy kích thì gặp phải phục binh đánh úp, tổn thất vài trăm nhân mạng. Trịnh Tùng lại chuyển quân quay về núi Tam Điệp[Ghi chú 8], hạ lệnh cho quân bố trí phòng thủ ở cửa biển Linh Trường[Ghi chú 9] để chặn thuyền giặc kéo tới.[30].

Mùa đông năm 1589, Trịnh Tùng lại dẫn quân tấn công huyện Trường Yên. Nhà Mạc sai Mạc Đôn Nhượng đóng quân ở Yên Mô[Ghi chú 10] tiếp chiến. Trịnh Tùng bàn mưu với các tướng

Nay họ Mạc đem hết đại binh tới, chỉ cốt giao chiến với ta để quyết một trận sống mái. Quân địch nhiều, quân ta ít, thế mạnh yếu khác nhau. Nhưng ta đã ở vào đất hiểm, hẳn giặc không làm gì được. Binh pháp có nói: một người giữ chỗ hiểm, ngàn người không địch nổi, là thế đó. Ta nên giả cách rút quân, để dắt chúng vào chỗ hiểm. Nó tất khinh ta, đem hết quân đuổi theo. Ta dùng trọng binh đánh úp, ắt sẽ phá được.

Vào canh ba đêm đó, ông sai Nguyễn Hữu Liêu dẫn 15.000 quân tinh nhuệ và 200 khinh kỵ mai phục ở chân núi; Trịnh Đỗ, Trịnh Đồng (con Trịnh Kiểm, em Trịnh Tùng) nhử giặc vào ổ mai phục; và Ngô Cảnh Hựu giả bộ thu lượm lương thực và binh khí để lui binh. Quả nhiên quân Mạc tưởng quân Lê - Trịnh khiếp sợ mà lui, bèn tranh nhau đuổi theo. Bọn Đỗ và Đồng vừa đánh vừa lùi, nhử quân Mạc đến vùng sơn cước. Phục binh nghe tiếng pháo nổ, hàng loạt nổi dậy. Trịnh Tùng tung đại quân ra, bốn mặt cùng hăng hái đánh; chém hơn nghìn thủ cấp địch, bắt sống hơn 600 người. Quân Mạc tan chạy. Mạc Đôn Nhượng thu lượm quân tàn trốn về. Trịnh Tùng thắng trận, các tướng ai đều đem những tù binh mà mình đã bắt được đem dâng nộp. Trịnh Tùng đều sai cởi trói và vỗ về yên ủi, rồi cấp cho cơm áo, thả về quê. Xong việc, ông lại đưa quân về Thanh Hóa.[31][32]